Anche in questo caso non esiste un solo modo per farlo. Ci sono diverse tecniche, valutate voi quella che fa più al caso vostro.
Rete ethernet
Una scheda di rete 10/100/1000Mbit si trova ormai su ogni pc, l'unica scelta che vi tocca fare è quale protocollo utilizzare.
Ftp: è il protocollo nato per "trasferire i file" ed è tuttora quello che lo fa nel modo più veloce. Il server va installato a parte.
Rsync+Ftp: è un'ottima soluzione per fare backup via rete, solo i file cambiati vengono trasmessi. Purtroppo questa soluzione non è ancora il massimo della stabilità(IMHO)

Samba/ssh: si trovano spesso già installati. Non servono solo a trasferire file. Se la mole di dati non è eccessiva possono anche andare bene.

Supporto fisico
Disc spanning: grazie all'utility Discspan potete tranquillamente masterizzare al volo la cartella di vostro interesse, vi verranno chiesti consecutivamente tutti i dvd necessari. Le sottocartelle e i file contenuti verranno smistati su più dvd con filesystem ISO.
Questa soluzione è molto flessibile, ma attenzione alle limitazioni del filesystem: il file più grande non può superare i 4gb e la profondità massima delle cartelle è 6.

Disc spanning (tar+split): questa soluzione ha meno limitazioni della precedente, potete conservare i permessi, ma avete bisogno di tempo e spazio per fare ed estrarre i vari tar.

Hard disk esterno: questa soluzione è la più facile, ma anche la più costosa. L'unico aspetto da tener conto è che non tutte le porte usb sono usb2 e non tutte le usb2 supportano gli hd autoalimentati. Il tipo di partizione (ext3/ntfs) non cambia più di tanto sul disco usb2.

Dopo aver installato a puntino Antivirus, Firewall, Firefox, Aggiornamenti, SP3, Windows Live Messenger, DirectX, Codec, Player, Plugin,.. su Windows, si vorrebbe utilizzare questa installazione come "base" per altri pc per non ripartire ogni volta da zero.

Vediamo alcuni passaggi cruciali per realizzare una "base" Windows

Requisiti:

sudo apt-get install ntfsprogs ntfs-3g hexedit

1 Backup della partizione NTFS con la "base" Windows

Esistono vari strumenti che possono salvare una partizione su un file, in questo caso il più efficiente è ntfsclone che contenuto in ntfsprogs.

ntfsclone --save-image --output winxp.img /dev/sdaX

2 Ripristino della partizione

La partizione di backup dovrebbe essere ripristinata nella stessa posizione nella quale l'avete salvata altrimenti dovrete renderla avviabile.

ntfsclone --restore-image --overwrite /dev/sdaY winxp.img

3 Rendere la partizione avviabile

Se avete ripristinato la partizione in una posizione diversa, o anche su un altro pc, dovete renderla avviabile.

Leggere il settore di partenza

sudo fdisk -ul /dev/sda |grep sda4

/dev/sda4   *      610470    19872404     9630967

Convertirlo in esadecimale e capovolgerlo a blocchi di due
$ printf "%x\n" 610470
950a6

Introduction

It doesn't exist a best tecnique or policy about how to backup your data in Linux. It depends how are your data and if you want backup them locally or in remote.
There are some mature tools for specific tasks and you have to decide with one suits better. There are some GUIs that simplify the job, but in case of issues, the terminal is the ONLY way to debug what is happening.

Entire partition

You can copy the entire partition in raw mode with dd:

sudo dd if=/dev/sda1 of=/destination/file.raw

GUI: Partimage
Notes: the output file size will be about the partition size, even if it is almost empty.

Entire system

tar -cvpzf backup.tar.gz --exclude=/other-directory /my-directory

GUI: File Roller as root and save with .tar extension
Notes: You have to keep the permissions if you don't want problems. You will not copy the bootloader in this way.

Source code

The best way to backup your code and keep the modification is to use a Distribuited Concurrent version system:

Git (in italian)

GUI: Giggle or others (but a full-featured gui is still missing)