Nautilus oltre ad essere un file manager permette di gestire altri protocolli come condivisioni di Windows (smb:///), webdav (dav:///), ssh, ftp,..
Basta andare su File > Connetti al server e agganciare la risorsa remota che ci serve.
Apparirà una cartellina come se si trattasse di un dispositivo fisico, dopodiché potremmo iniziare a trascinare, rinominare, cancellare file.

Alcuni protocolli, come ssh e webdav, permettono anche di modificare il file sul posto come se si trattasse di una posizione locale.
La nostra cartella remota sarà presente anche su network:/// e cliccandoci sopra col tasto destro sarà possibile smontarla.

A questo punto le informazioni di connessione andranno perse e se dovete tornare in quella posizione dovrete reinserirle nuovamente i dati della connessione.

Soluzione A: non smontate nulla

La cartella remota rimane sempre attiva, quindi il problema non si presenta, ma avrete sempre un ingombro nella barra laterale e una connessione attiva.

Soluzione B: non montate nulla

Non siete obbligati a mantenere sempre la connessione attiva, basta accedere alla cartella remota mettendo il percorso (es. ftp://mioftp.com) e poi mettete la posizione nei segnalibri (CTRL+D). Anche qui l'ingombro rimane sempre.

Soluzione C: una cartella personale delle connessioni remote

Tasto destro sul desktop > Crea lanciatore.. specificate il tipo posizione e inserite il percorso opportuno.
Potete spostarli nella cartella che preferite (es. ~/Rete) e quando vi servono potete montarli con tasto destro > Connetti a questo server o semplicemente accedere alla cartella remota cliccandoci sopra.

La soluzione C è certamente la più flessibile, soprattutto se volete ordine e avete molte posizioni remote da gestire.